功能性消化不良常与慢性浅表性胃炎同时存在。据统计资料，约50％的功能性消化不良伴有慢性浅表性胃炎，但其症状多少与轻重程度并不与胃炎病变程度相一致，因此国内外学者多倾向将此类慢性胃炎的症状纳入功能性消化不良范围，治疗亦基本相同。
　　
　　武汉国医堂医院主任王东洋介绍说功能性消化不良的病因和发病机制还不十分清楚，可能是多种因素综合作用的结果。研究表明感染因素，如幽门螺杆菌感染可能与功能性消化不良有关，根除幽门螺杆菌后，部分患者症状可以缓解。近年来也发现部分患者急性胃肠炎后可以引起功能性消化不良，又称为感染后功能性消化不（PIFD），约25%的急性胃肠炎患者会发展为功能性消化不良，发现此类患者胃黏膜具有炎性细胞核炎性细胞因子表达增加的现象，导致内脏敏感性增高，出现一系列临床症状。
　　
　　研究也发现，功能性消化不良患者常与心理因素有关，如个性异常、焦虑、抑郁，疑病积分明显高于正常人，其生活中应激事件发生频率也明显高于正常人，如家族成员患病、伤亡、失业、失恋等。治疗效果与心理因素有明显关系，据报道用安慰剂治疗有效率可达30％～60％，故医生在为患者治疗中应十分重视心理因素的作用。
　　
　　另外，某些遗传因素和胃肠激素也与功能性消化不良有一定的关系，但是其确切的机制尚需要进一步研究探讨。
　　
　　对于功能性消化不良的药物治疗原则有以下几个方面:
　　1. 用药要有针对性。根据其突出的症状，从病理生理的角度选择药物。
　　2. 体现个体化的治疗原则。具体病人具体分析，治疗个体化。 根除幽门螺杆菌治疗。如果消化不良症状经过上述治疗效果较差，且有幽门螺杆菌感染者，可以进行根除幽门螺杆菌治疗。研究发现功能性消化不良患者中，幽门螺杆菌的检出率约65％～75％，但此菌的存在与功能性消化不良症状的出现之间的明确关系，尚待进一步研究。
　　
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